Coleção atualmente constituída por 239 códices com iluminuras, com datas compreendidasentre os sécs. XII eXIX, de diversas proveniências, entre as quais se destacam as livrarias dos conventos extintos em 1834, a biblioteca doada em 1797 pelo bispo de Beja e arcebispo de Évora, D. Fr. Manuel do Cenáculo, e a livraria adquirida em 1852 a D. Francisco de Melo Manuel (Cabrinha). Esta Coleção tem-se desenvolvido mais recentemente, mediante aquisições.
A coleção abrange temáticas muito diversas: obras litúrgicas, livros de horas, teologia e patrística, bem como compromissos de irmandades, regras de ordens religiosas e, em menor número, obras de História, um conjunto de 13 forais manuelinos, assim como obras literárias e de Direito.
Destacam-se a Bíblia hebraica do séc. XIII, notável exemplo de qualidade de execução e de decoração, conhecida por Bíblia de Cervera, iluminada por Joseph Asarfati, entre 1299 e 1300, o Livro de Horas da Rainha D. Leonor, iluminado por Willem Vrelant (?) ca. 1470, o Atlas de ca 1576 da autoria de Fernão Vaz Dourado, com 17 mapas iluminados, e a Descrição da fortaleza de Sofala e das mais da Índia...., de António Mariz Carneiro, datada de 1639 com 48 plantas aguareladas.
♦ CORREIA, Francisco - Inventário da Coleção dos Manuscritos Iluminados da Biblioteca Nacional.
Lisboa: [Ministério da Educação e Cultura], 1986.
♦ FERREIRA, Teresa A. S. Duarte - «Guia das Colecções de Manuscritos da Divisão dos Reservados».
Revista da Biblioteca Nacional, Lisboa, S. 2, 3 (1) 1988, p. 95-129.
♦ Inventário dos Códices Iluminados até 1500. Lisboa: Secretaria de Estado da Cultura, 1994.